Lahir sebagai Filial SMA Negeri 18 Jakarta pada tanggal 10 Januari 1977 berlokasi di Dapur Susu Cilandak, atas prakarsa Drs. J. Mangari Kepala SMA Negeri 18 Jakarta, dan dipimpim oleh Moch. Idris. tahun 1979 mendapat pinjaman gedung di Jl. Kirai yang digunakan untuk belajar disiang hari. Tahun 1980 dipimpin oleh Drs. H. Anwar Ali Akbar. Tanggal 24 Desember 1980, SMA Negeri 18 Filial mendapat status manunggal dengan nama SMA Negeri 46 Jakarta. Pada tahun ini pun SMA Negeri 46 Jakarta mendapat tambahan gedung yang berlokasi di Jalan Tembok Pondok Labu Jakarta Selatan, sehingga SMA 46 Jakarta memiliki 3 (tiga) lokasi gedung yang saling berjauhan. Tahun 1982 SMA Negeri 46 Jakarta mendapat gedung baru yang berlokasi di Jalan Masjid Darussalam, lokasi yang digunakan sampai sekarang.