OSIS atau Organisasi Siswa Intra Sekolah adalah satu-satunya organisasi terbesar yang beranggotakan seluruh siswa dan siswi SMA Negeri 46 Jakarta. OSIS merupakan wadah bagi siswa-siswi SMA Negeri 46 Jakarta untuk berorganisasi dan menyalurkan minat dan bakat mereka melalui ekstrakurikuler-ekstrakurikuler yang dibawahi oleh OSIS.